Ըստ գենետիկական նյութի փոփոխման բնույթի տարբերում ենք մուտացիաների երեք հիմնական ձև՝ գենոմային, քրոմոսոմային և գենային։
Գենոմային են կոչվում քրոմոսոմների քանակի փոփոխման հետ կապված մուտացիաները։ Մուտացիաների այս ձևին են պատկանում հապլոիդիան, պոլիպլոիդիան և անեուպլոիդիան։
